Muito se discute sobre o avanço do agronegócio e os reflexos no meio ambiente, apesar de gerar receita para o país, além de empregos, o prejuízo ambiental é muito alto devido às técnicas de utilização de solo extremamente inadequadas, o desmatamento de grandes áreas e a perturbação do equilíbrio ecológico em diversas regiões. O Estado das Florestas do Mundo (SOFO, em inglês) divulgou, recentemente, que o crescimento dessa atividade foi responsável por, aproximadamente, 70% desmatamento na América Latina entre 2000 e 2010. Tal impacto, seria bem reduzido, seria bem reduzido, caso os grandes latifundiários fizessem o uso correto do solo, como, ao invés de queimar um grande número de hectares verdes para depois plantar, dividir o espaço em alguns lotes, e enquanto alguns são usados para a atividade fim os outros estão ocupados pela vegetação nativa, isto evita a degradação do solo por conseguinte diminui a necessidade de expansão territorial. A perturbação do equilíbrio ecológico é outra consequência dessa atividade. Segundo biológicos, da Universidade Federal do Amazonas (UFAM), o desaparecimento de determinadas espécies endêmicas da Amazônia está diretamente ligado ao avanço da agricultura e, principalmente, da pecuária. O governo Federal somado à iniciativa privada poderiam solucionar esse problema. O governo poderia incentivar mudanças nas técnicas de manipulação do solo e reflorestamento das áreas não utilizadas, através de incentivos fiscais, afinal, punir quem não cumpre o Código Florestal já se mostrou uma medida ineficaz na solução desse problema, o poder público cobraria 10% a menos do valor dos já cobrados e em contrapartida a propriedade seria monitorada mensalmente por fiscais do meio ambiente. Enquanto, a iniciativa privada poderia abrir um fundo de investimento, para pesquisa de melhores formas de aproveitamento do solo e reflorestamento, com o intuito de vender as novas descobertas para os grandes fazendeiros, e eles usariam-os visando pagar menos impostos. A relação entre agronegócio e meio ambiente, portanto, pode não significar a destruição de imensas áreas e genocídio de animais, desde que existam gestores competentes e profissionais tecnicamente qualificados para lidar com essa questão.